Nella sua carriera, Matteo Brilli ha progressivamente accumulato conoscenze riguardanti svariati aspetti della microbiologia, genomica, biologia dei sistemi e bioinformatica in generale. Sin dall’inizio del suo dottorato, ha iniziato a programmare in diversi linguaggi e successivamente ha rifinito queste abilità fino a raggiungere un ottimo livello in linguaggi come Matlab, Java ed R. Queste competenze lo hanno portato a spaziare dal software engineering (Brilli et al., 2008, Brilli et al., 2006, Chiodi et al. 2019) fino a studi più applicativi. Ha svolto diversi post-dottorati sia in Italia che all’estero (con brevi periodi a Cambridge e quasi 5 anni in Francia, a Lione sotto contratto INRIA), grazie ai quali ha continuato ad accumulare esperienze nei campi della modellizzazione matematica di sistemi biologici e lavorando in un gruppo di matematici dove ha appreso la teoria delle reti e la loro applicazione ai sistemi biologici (Klein et al. 2012, Berthoumieux et al., 2013). Sin dai primi anni dell’esplosione del Next Generation Sequencing, è stato coinvolto in progetti di genomica di simbionti (Brilli et al. 2018, Galardini et al. 2013) e più recentemente patogeni (Piazza et al. 2018 a and b), sistemi che cerca di affrontare in modo altamente multidisciplinare anche insieme ai suoi studenti. Durante una permanenza come ricercatore alla Fondazione Edmund Mach, ha lavorato ad uno dei primi e più’ completi lavori di integrazione di dati omici in sistemi ospite/patogeno, in particolare sul sistema Vitis/Plasmopara viticola, che ha avuto una notevole eco (Brilli et al. 2018). Attualmente lavora all’Università degli Studi di Milano con una posizione da ricercatore a tempo determinato (lettera B) dove cerca di integrare aspetti genomici con dati ortogonali in particolare sui simbionti e sui patogeni nosocomiali.

Biologia dei sistemi
Sistemi dinamici
Modelli matematici
Machine learning
Genomica comparativa